Bioinformatikerin / Bioinformatiker (m, w, d)

Das Institut für neue und neuartige Tierseuchenerreger (INNT) sucht eine(n) Bioinformatikerin/Bioinformatiker zum Aufbau einer eigenen Arbeitsgruppe. Die erfolgreiche Kandidatin/ Der erfolgreiche Kandidat soll eigene Projekte mit Schwerpunkt Genomics, Comparative Genomics, Functional Genomics bearbeiten und begleitet Sequenzierprojekte von der Library Präparation bis zur Annotierung und funktionellen Analyse:
– Genomsequenzierung von DNA- und RNA-Viren, Whole Genome Sequencing und Metagenomanalysen
– Assembly und Annotierung von Virus- und Eukaryotengenomen
– Analyse der Varianz von viralen Sequenzen (Quasispecies) zur viralen Evolution, Speziesanpassung, etc.
– Beteiligung an Transkriptomanalyse-Projekten (RNAseq) und Functional Genomics
– Kooperation mit anderen Arbeitsgruppen des INNT in gemeinsamen Projekten zu o.g. Themen read more

wiss. Mitarbeiterin / wiss. Mitarbeiter (w,m,d) (Doktorand/in)

Das Teilprojekt im Rahmen eines von der Europäischen Union geförderten Projekts EJP-MEmE (Multi-centre study on Echinococcus multilocularis and Echinococcus granulosus s.l. in Europe: development and harmonization of diagnostic methods in the food chain) zielt darauf ab Methoden zu entwickeln, um mit Hilfe von eines PCR-Verfahrens zusammen mit „Next Generation Sequencing“ die Feintypisierung von Echinococcus multilocularis zu entwickeln und zu validieren. Die Methode soll anschließend für die Untersuchung der Populationsstruktur des Parasiten in Deutschland eingesetzt werden.
Aufgabenschwerpunkte sind dabei:
– Sektion von Endwirten zur Gewinnung von E. multilocularis-Würmen aus dem Dünndarm und zur Entnahme von Kotproben.
– Gewinnung von E. multilocularis-Eiern aus den Kotproben.
– Isolierung von DNA aus bereits vorhandenen und den bei Sektionen gewonnenen Proben. Prüfung der Qualität der DANN.
– Molekulare Charakterisierung der DNA-Proben mit bereits etablierten Methoden (PCR, Fragment-Längenbestimmung von Mikrosatelliten- Markern und Sanger-Sequenzierung).
– Entwicklung und Validierung einer „Next Generation Sequencing“-basierten Typisierungsmethode.
– Auswertung der experimentell erhobenen Daten und Verfassen von wissenschaftlichen Publikationen. read more

wiss. Mitarbeiterin / wiss. Mitarbeiter (w,m,d) (Doktorand/in)

Im Forschungsprojekt: „Stechmücken und stechmückenübertragene Zoonosen in Deutschland (CuliFo2)” sollen die abiotischen und biotischen Faktoren untersucht werden, die das Auftreten von Arboviren in Deutschland beeinflussen. Dies geschieht insbesondere mit dem Ziel einer besseren Risikobewertung hinsichtlich deren tier- und humanmedizinischer Relevanz. Schwerpunktmäßig sollen West-Nil-Virus (WNV) und Usutu-Virus (USUV) adressiert werden.
• Thema 1: Virus-Wirt-Interaktionen und Interferenz bei
WNV/USUV-Koinfektionen und deren klinische Relevanz
• In-vitro-Studien auf Zellkulturebene
• In-vivo-Studien durch tierexperimentelle Ansätze
• Thema 2: Vorkommen von Arboviren (u.a. WNV, USUV u.a.) bei Zoo- und Wirtschafts-geflügel sowie Wildvögeln (‚Aviäres Viriom‘) (molekularbiologische und serologische Untersuchungen) read more