wiss. Mitarbeiter/-in (Doktorand) Bereich Bioinformatik

Aufgaben:
– Implementierung von Pipelines zur automatische Vorverarbeitung von Whole Genome Sequencing(WGS)-Daten aus Isolaten von Salmonellen und Campylobacter Spezies mit den Zielen:
1. Genotypisierung zur Ausbruchsaufklärung
2. Charakterisierung von Plasmiden
3. Vorhersage von Antibiotikaresistenzen
4. Bestimmung von genetischen Ursachen für Resistenzen
5. Auswertung von Metagenomdaten

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Art: Sonstiges
Wissenschaft und Forschung
08.05.2018
Ausschreibung bis: 31.05.2018 read more

7 wiss. Mitarbeiter/-innen (PostDoc)

Dieses Verbundprojekt soll in zwölf Teilprojekten Fragestellungen zur Pathogenese der Afrikanischen Schweinepest (ASP) in verschiedenen Wild- und Hausschweinen, zur Immunologie und Immunpathologie der Erkrankung, zur Entwicklung alternativer Impfkonzepte, zum Virusaufbau und zur Epidemiologie der ASP bearbeiten.

Die Einstellung ist zum 1. Juli 2018 in Vollzeit für die Projektdauer von 36 Monaten vorgesehen

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Art: Sonstiges
Wissenschaft und Forschung
01.07.2018
Ausschreibung bis: 15.06.2018 read more

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in

Im IGZ ist ab 01.06.2018, befristet bis zum 31.03.2019. in Großbeeren (bei Berlin) folgende Stelle zu besetzen:

Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in
Kennz. 08/2018/3

Die Vergütung erfolgt entsprechend der Qualifikation und Erfahrung nach dem TV–L, Tarifg. Ost, bis zur EG 13 (67 % der regulären Arbeitszeit).

Der/die wissenschaftliche Mitarbeiter/in wird das DFG-Projekt „ENATGLUPRO: Enzymatische und nicht-enzymatische Abbaureaktionen im Verlauf der thermischen Behandlung von Glucosinolaten und Folgeprodukten“ bearbeiten. Das Projekt ist international eingebunden (Kooperation mit Partnern in Dänemark und den Niederlanden) und forscht an Abbauwegen von Glucosinolaten (Hanschen, F. S., et al. 2018 Food Chemistry, 45, 564-569). read more

PhD student in the area „Methods for mild and early crop stress handling“

The Leibniz-Institute of Vegetable and Ornamental Crops (IGZ) conducts research in a broad range of fields related to horticultural sciences in order to promote the sustainable production of vegetable and ornamental crops. Controlled Environment Horticulture, the cultivation of vegetables and ornamental crops inside structures such as greenhouses, is one focus of our institute. Within our research program „Horticultural Systems of the Future“ and the new team „Protected Cultivation“, we aim to contribute to the development of sustainable plant production systems in protected cultivation and improve crop quality. read more

Scientist in „Urban Horticutural Systems“

The Leibniz-Institute of Vegetable and Ornamental Crops (IGZ) conducts excellent research in a broad range of fields related to horticultural sciences in order to promote the sustainable production of vegetable and ornamental crops. Within our research program „Horticultural Systems if the Future“, we aim to contribute to the development of sustainable plant production systems also in urban environments.

The newly launched EU -China H2020 FAB Flagship project „Sino-European innovative green and smart cities – SiEUGreen“ (see https://www.nibio.no/en/projects/sieugreen-sino-european-innovative-green-and-smart-cities and http://cordis.europa.eu/project/rcn/212412_en.html) will help to develop efficient urban agriculture for multiple benefits, and thus contribute to the EU-China Urbanisation Partnership. To contribute to this project, we invite applications for a read more

Wiss. Mitarbeiter/-in (PostDoc)

Der/die Stelleninhaber/in soll die organisatorische und praktische Umsetzung der bioinformatischen Projektarbeit des Institutes vornehmlich im Bereich der bakteriellen Pathogeneseforschung und Referenzlabortätigkeit übernehmen und eine Plattform im Bereich der Hochdurchsatz-Sequenzierung und Sequenzanalyse dauerhaft etablieren. Dazu gehören folgende Tätigkeiten:
– Analyse des Transkriptoms (RNAseq) von pathogenen Bakterien in vitro und in vivo
– Mikrobiomanalysen (16S rDNA-Sequenzierung, Meta-Genomik, Meta-Transkriptomik)
– Analyse von Whole-Genome-Sequencing-Daten inkl. programmgestützter Assemblierung und Annotierung sowie epidemiologischer und phylogenetischer Analyse
– Etablierung der nötigen Infrastruktur bzgl. Hard- und Software, Datenmanagement
– Entwicklung, Anwendung, Modifikation und Implementierung von Programmen, Workflows und Algorithmen zur Analyse von NGS-Datensätzen
– Standortübergreifende Kooperations- und Beratungstätigkeit auf den genannten Gebieten read more

2 wiss. Mitarbeiter/-in (Doktorand/-in)

Bei der einen Stelle handelt es sich um eine durch das BMBF geförderte Projektstelle zum Thema „Zoonotische Bornavieren“ mit 65% der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit befristet bis zum 30.06.2020. Die zweite Stelle zum Thema „Lyssavirus“ ist im Rahmen einer Institutskooperation mit 50% der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit für 36 Monate zu besetzen.

Aufgaben:
Stelle 1:
Im Rahmen des BMBF-geförderten Projektes „ZooBoCo“ soll das von uns als Ursache mehrerer Fälle humaner Encephalitis identifizierte Variegated Squirrel Bornavirus (VSBV; Hoffmann et al., “A variegated squirrel bornavirus associated with fatal human encephalitis” N. Engl. J. Med., 373, 154–162, doi:10.1056/NEJMoa1415627) charakterisiert werden. Im Rahmen dieses ZooBoCo-Teilprojektes sollen mit Hilfe von high-throughput sequencing-Analysen einerseits verfügbare VSBV genetisch charakterisiert werden. Andererseits ist vorgesehen, in Proben von Encephalitiden unbekannter Ursache weitere neue Erreger zu identifizieren und diese zu charakterisieren.
Stelle 2:
Im Rahmen des Projektes „Lyssavirus – a potential re-emerging public health threat“ soll im Teilprojekt „In-depth genomic ananlyses of Lyssaviruses“ die Genomplastizität von Lyssaviren im Kontext der Virus-Wirt-Interaktion untersucht werden. Dazu ist vorgesehen, Viren unter verschiedenen Bedingungen zu kultivieren und anschließend mittels deep-sequencing unter Verwendung von DNA-Sequenziertechnologien der 2. und 3. Generation zu charakterisieren. read more